Vlasti u Bosni i Hercegovini i Federaciji BiH izrazile su uverenje da je hapšenje Slobodana Miloševića značajan događaj i veliko ohrabrenje za normalizaciju odnosa u regionu. Međutim, insistira se na tome da se bivši jugoslovenski predsjednik na kraju izruči u Hag, jer bi time definitivno bila stavljena tačka na krvavo desetogodišnje razdoblje među bivšim jugoslovenskim republikama.

Od zvaničnika prvi se oglasio ministar inostranih poslova Zlatko Lagumdžija, koji je rekao da je hapšenje dokaz koliko se pozitivno mijenja situacija u regionu. Na konstataciju novinara državne televizije da je Milošević uhapšen zbog kriminala i da neće biti izručen u Hag, Lagumdžija je rekao: "Sada je najvažnije da njegov projekat završi u Hagu." Novoizabrani članovi Predsjedništva BiH imaju slične stavove. Bošnjački član Beriz Belkić ocijenio je Miloševićev odlazak u zatvor kao ohrabrenje, bez obzira na to što mu se neće suditi za ratne zločine. Međutim, Belkić smatra da je riječ samo o prvoj fazi prije njegovog konačnog odlaska u Hag. Njegov kolega hrvatske nacionalnosti Jozo Križanović rekao je da je hapšenje civilizacijski čin koji ima snažnu poruku nacionalističkim vođama da nemaju šanse. Po njemu, već ova faza razvoja događaja uticaće na bržu normalizaciju odnosa između BiH i Jugoslavije.

I sve političke partije u Sarajevu izražavaju zadovoljstvo što se Milošević našao iza rešetaka, ali insistiraju da on ipak treba da završi u Hagu, jer je njegova odgovornost za zlo prema drugim narodima veća nego ona koju je učinio srpskom narodu.

Za medije je odlazak u zatvor nekadašnjeg predsjednika ubjedljivo najznačajniji događaj zadnjih godina. "Oslobođenje" donosi naslov preko cijele strane "Milošević konačno uhapšen" i njegovu sliku iz vremena neprikosnovenosti. "Dnevni Avaz" na prvoj strani ima naslov "Balkanski kasapin iza rešetaka – Prvi dan doživotnog zatvora". Oba lista u komentarima iznose da je hapšenje ohrabrujući potez, ali da će proces biti završen tek kada Milošević bude isporučen Međunarodnom tribunalu. "Pokazalo se da je moć jedne osobe, ma kolika bila, prolazna. Srbija je, bez obzira na motive hapšenja (političke i ekonomske), pokazala da se vraća temeljnom principu države – zakon važi sa svakog građanina. Ali tek kada bivšeg predsjednika trasferiraju u Hag imaće šansu za radikalni diskontinuitet od njegove politike", piše "Oslobođenje".

U Sarajevu se s interesovanjem pratila neizvjesnost oko hapšenja. Vesti o hapšenju izazvale su ushićenje kod građana. Građani dijele mišljenje ovdašnje zvanične politike i medija, koji imaju razumjevanja za to što postupak protiv Miloševića teče postupno. Doduše, ima i onih koji insistiraju na punoj izolaciji Srbije sve dok se Milošević ne nađe u Hagu, a sadašnje srpsko rukovodstvo ne izvini za zločine. Međutim, takvima nije samo Milošević na smetnji, već bi najsrećniji bili kada bi se cijela Srbija pretvorila u Hašku čeliju.