Džozef Bajden je bio pobornik aktivne američke politike na Balkanu i nije prezao od primene sile. Među prvima je Slobodana Miloševića okarakterisao kao ratnog zločinca i zalagao se da se ukine embargo na uvoz oružja protivnicima Srbije koja je sprovodila Miloševićevu politiku, te da pripadnici oružanih snaga SAD obučavaju muslimane u Bosni. Iskusni demokratski senator bitno je uticao na tadašnjeg predsednika Bila Klintona da donese odluku da NATO prvo interveniše u Bosni, a potom i da zbog Kosova bombarduje Srbiju