Nakon izdvajanja Crne Gore iz državne zajednice, jedno od otvorenih pitanja jeste i kako će se crnogorske vlasti postaviti prema sporu Crnogorske pravoslavne crkve (CPC) i Srpske pravoslavne crkve (SPC) oko vlasništva nad nekoliko stotina crkava i manastira u Crnoj Gori. Miraš Dedejić, poglavar nepriznatog CPC-a, nedavno je zatražio da sveštenici SPC-a hitno napuste sve manastire i crkve izgrađene pre 1920. godine. "Crnogorska pravoslavna crkva izgubila je autokefalnost 1920. godine, kada je ušla u SPC. Dakle, svi hramovi, sve crkve i svi manastiri koji su izgrađeni pre te godine vlasništvo su CPC-a i srpski sveštenici će morati da izađu iz njih", izjavio je Dedejić. On je najavio da će najkasnije do leta CPC preuzeti oko 750 verskih objekata koje sada koristi SPC, kao i da će u tome imati podršku crnogorskih vlasti. CPC je do sada već preuzeo oko pedesetak crkava i manastira, uglavnom uz "podršku vernika". Najveći broj objekata, više od dvadeset, nalazi se na teritoriji opštine Cetinje. Pristalice CPC-a tvrde da su ove objekte meštani, kako je rečeno, "većinskim odlukama predali na korišćenje Crnogorskoj crkvi". Među 750 traženih objekata, dva najvažnija su cetinjski manastir, sedište Mitropolije crnogorsko-primorske, i manastir Ostrog. Oba imaju simboličnu važnost zbog njihovog eventualnog prelaska u ruke pristalica CPC-a, a Ostrog bi doneo i popriličan novac od turizma. Dilemu kome predati imovinu imala je i crnogorska vlada kada je u više navrata raspravljala o mogućnosti povratka crkvene imovine oduzete nakon 1945. godine. Vlada je ovo pitanje odložila i ostavila otvorenim pošto je dogovoreno da će se imovina "vratiti crkvi", ali nije odgovorila kojoj crkvi i kada. Advokat Mitropolije crnogorsko-primorske Mladen Mićović, reagujući na zahteve o oduzimanju imovine SPC-a i njenom povratku CPC-u, izjavio je da Mitropolija postoji kao pravni subjekt 780 godina, da svi hramovi izgrađeni od tada mogu biti samo vlasništvo Mitropolije, kao i da to što je Mitropolija u sastavu SPC-a nije primarno u pravnom smislu. On je objasnio da je Crnogorska pravoslavna crkva osnovana 1991. a registrovana 2000. godine, što znači da ona može eventualno sticati imovinu izgrađenu u poslednjih petnestak godina. "Otkud sada CPC može biti vlasnik hramova izgrađenih prije najmanje sto godina", zapitao je Mićović.

Rat oko prava na upravljanje crkvama i manastirima u međuvremenu se proširio i na "novogradnju". Mitropolit Amfilohije Radović inicirao je prošle godine izgradnju crkve na planini Rumiji kod Bara, što je tada podiglo buru u javnosti zbog načina na koji je to urađeno. Podsećanja radi, Vojska SCG je tada helikopterom donela metalnu konstrukciju crkve i postavila je na vrh Rumije, prethodno se ne konsultujući sa lokalnim crnogorskim vlastima. Mitropolit Amfilohije je tada objasnio da su država i crkva razdvojene u Crnoj Gori, što znači da država nema jurisdikciju nad crkvom, a iz toga prema njegovom mišljenju proizlazi da crkva ne mora da traži svetovne dozvole za gradnju jer "svojim autonomnim zakonima reguliše svoje aktivnosti". Legitimnost gradnje na Rumiji SPC izvlači iz činjenice da je tu do XVI veka postojao manastir, što znači da je on obnovljen a ne izgrađen. S druge strane, ovom građevinskom desantu prethodila je najava CPC-a da će graditi svoj manastir u Vojvodini. Prva crkva Crnogorske pravoslavne crkve trebalo je da nikne u selu Lovćenac kod Malog Iđoša, gde postoji oveća zajednica crnogorskih doseljenika iz Cetinja, pobornika nezavisne Crne Gore i autokefalne Crnogorske crkve. Reakcija na ove najave stigla je od ministra vera u Vladi Republike Srbije Milana Radulovića, koji je pozvao lokalne vlasti u Malom Iđošu da ne daju dozvolu za izgradnju hrama CPC-a. Sličan zahtev za izgradnju crkve u Vojvodini podnela je i, takođe nepriznata, Makedonska pravoslavna crkva i dobila isti odgovor. Vodeći se logikom "neprijatelj mog neprijatelja je moj prijatelj", Miraš Dedejić je nedavno pozvao Makedonsku pravoslavnu crkvu da udruži snage sa CPC-om u borbi protiv SPC-a, ali zvaničan odgovor MPC-a još nije stigao.

Rešenje problema vlasništva nad crkvama biće vrlo teško i sa pravnog aspekta jer dobar deo ovih objekata nije zaveden u katastarskim knjigama, a kod nekih je navedeno da su "dobro crkve", što pravnici ne smatraju dobrom formulacijom o vlasniku. Kada je 1958. godine napravljen sadašnji katastar, o tome se nije vodilo mnogo računa pa je, kako kažu upućeni, i u slučajevima kada je nešto upisano kao vlasništvo Mitropolije crnogorsko-primorske, to učinjeno "prema inerciji", odnosno bez postojanja pisanih dokumenata o posedovanju. Komentarišući spor oko crkvene imovine, profesor građanskog prava na Pravnom fakultetu u Podgorici Zoran Rašović je još 2000. godine izjavio da pravo svojine može imati ona verska organizacija koja ima svojstvo pravnog lica i punovažan pravni osnov za to, poput ugovora, presude ili poravnanja. U suprotnom, ako je ovo sporno, može se pokrenuti spor radi utvrđivanja prava svojine. "U tom sporu kao veoma važan dokaz poslužiće i svjedočenje korisnika (vjernika), u smislu njihovog izjašnjavanja kojoj organizaciji su oni činili donacije kojima su izgrađene crkve", objasnio je Rašović. O tome kom pastiru pripadaju manastiri širom Crne Gore na kraju će odlučiti pravoslavna stada.