Sadašnja Luka se nalazi na potencijalno najatraktivnijem mestu u samom centru grada, jer je izgradnja stambeno-poslovnog kompleksa planirana i na susednom, nizvodnom zemljištu, na površini od skoro 500 hektara.

Luka Beograd raspolaže sa oko 220 hektara zemljišta u centralnoj gradskoj zoni između Francuske ulice i Pančevačkog mosta.

Privatizovana je 1998. godine po tada važećem zakonu o svojinskoj transformaciji, kada je 60 odsto akcionarskog kapitala besplatno podeljeno zaposlenima, 30 odsto preneto na akcijski fond, a deset odsto republičkom penzionom fondu.

Luku Beograd je 2005. godine za oko 50 miliona evra, otkupom akcija od države i akcionara, kupio luksemburški investicioni fond Vorldfin, u vlasništvu privrednika Milana Beka.

Mali akcionari tvrdili su da su zbog pogrešno urađene procene vrednosti kapitala Luke prodali svoje akcije po devet evra, umesto za 22,18 evra po jednoj deonici. Oni su navodili da su tako oštećeni za 71,5 miliona evra, a država za oko 49,4 miliona dinara.

Sud je doneo presudu u korist firme Vorldfin, gde se u obrazloženju navodi "da se vrednost akcija utvrđuje na tržištu odnosom ponude i tražnje, da su akcionari svojom slobodnom voljom prodali akcije".

Savet za borbu protiv korupcije je 19. februara 2008. godine predao Vladi "Izveštaj o koncentraciji vlasništva koja je obavljena u akcionarskom društvu Luka Beograd".

Po mišljenju Saveta taj slučaj je interesantan jer poseduje sve karakteristike "sekundarne privatizacije" – procesa u kome dolazi do prenošenja akcija od zaposlenih na najbogatije ljude u zemlji, koji imaju dobar "kontakt" sa političarima i državnim organima.

Posle dve godine Savet za borbu protiv korupcije saopštio je (3. juna 2010) da je podneo krivičnu prijavu protiv 17 osoba zbog sumnje da su tokom 2005. godine u nezakonitom postupku preuzimanja akcija Luke Beograd državi naneli štetu od najmanje 21 milion evra. Krivične prijave su, pored ostalih, podnete i protiv Predraga Bubala i Milana Beka, kao i protiv predsednika Komisije za hartije od vrednosti Milka Štimca, članova Komisije za hartije od vrednosti Dejana Malinića, Đorđa Jovanovića i Dušana Bajeca, direktora Agencije za privatizaciju Miodraga Đorđevića i izvršnog direktora te Agencije Gorana Mrđe.

Rešenjem Vrhovnog kasacionog suda Srbije, 29. juna 2011. okončani su zemljišno-knjižni sporovi između Luke i Grada Beograda, koji su vođeni od februara 2003. oko prava na raspolaganje lučkim zemljištem od oko 200 hektara.

Kasacioni sud je tom odlukom potvrdio rešenja Višeg suda u Beogradu od 21. jula 2010. godine "kojim se odbija u celosti kao neosnovan zahtev Grada Beograda za upis u prava korišćenja na lučkom zemljištu i konstatovano da je zakoniti korisnik tog zemljišta preduzeće Luka Beograd".

Viši sud u Beogradu, 16. maja 2011, privremeno je Luci Beograd zabranio raspolaganje lučkim zemljištem, a Milan Beko, vlasnik firme Vorldfin, koja je kupila Luku, ponudio je tada Beogradu da otkupi Luku. Gradonačelnik Beograda Dragan Đilas izjavio da je Grad spreman da preuzme Luku, po ceni po kojoj je Beko kupio to preduzeće, odnosno za 40 miliona evra.

Sa svoje strane Luka Beograd je saopštila da je za 93 odsto akcija tog preduzeća plaćeno 54 miliona evra, a prodajna cena bi bila 74 miliona evra, kada se doda kamata po kojoj se država zadužuje na finansijskom tržištu.

Do sada nije bilo nikakvih pregovora o preprodaji Luke.

Milan Beko je 29. januara 2013. godine saslušan u Upravi kriminalističke policije. On je tada u svojstvu građanina saslušavan šest sati, posle čega je rekao novinarima da je izjavu dao u svojstvu građanina i da smatra da je uspeo da ukaže MUP-u i tužilaštvu na razloge zašto je godinama stvaran privid o nezakonitostima u sekundarnoj privatizaciji Luke Beograd.

Beko je ponovo, 8. maja 2013, gotovo šest sati odgovarao na pitanja policije u vezi sa poslovanjem Luke. Nakon toga je rekao da je "svoje odgovore detaljno potkrepio odgovarajućom dokumentacijom. Luka je izgubila već sedam godina čekajući da se veštački napravljena afera razreši i u tom periodu je samo poslovnim bankama platila 23 miliona evra kamata, potpuno onemogućena da realizuje makar deo svojih investicionih potencijala. Dalje više ne možemo".

Bivši ministar za privredu i privatizaciju Predrag Bubalo saslušavan je u policiji 2011. po nalogu tužilaštva u okviru pretkrivičnog postupka za Luku Beograd.